特別内務調査班による調査が秘密裏に開始された。局内に女体○問研究所の内通者がいると内部告発を受けての事だった。“ゴースト”と呼ばれ皆に恐れられているメンバーは隠匿されていて、水面下で様々な部署に潜り込み内偵調査を行う。生活犯罪本部に所属していた入局2年目の新人捜査官、岡嶋亜美（黒木いくみ）がそのメンバーの一人に選ばれ、“ゴースト”である事を隠し、神楽坂雅の後任として国際犯罪捜査本部に配属される。